SGA Season 2
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星际之门 : Startgate Atlantis 第2季全剧情介绍
2.01 Siege, Part 3
在城市的甲板上，一个幽灵正要试图吸食 Ford 少尉的生命时，另一个垂死的士兵引爆了手榴弹，两人被炸入大海。Sheppard 引爆核弹，炸毁了一艘幽灵母舰，最后关头他被及时赶来的 Daedalus 号船救了出去。船长 Caldwell 上校同时把 ZPM 传给 McKay。McKay 在两名士兵的保护下前往恢复护盾，途中遭遇幽灵，绝望的 McKay 被 Teyla 救下。
Daedalus 的常规武器在碰到母舰前就被拦截，Sheppard 建议使用光传送技术。Asgard 人不愿意让光传送技术用于武器传输，Caldwell 让 Dr.Novak（爱打嗝的工程师）去说服 Asgard 工程师 Hermiod 改造系统，Hermiod 黑着个小脸嘟嘟囔囔地同意了。最后一只母舰被毁，其余战机编队直冲向 Atlantis（小鬼子看来要同归于尽），不过此时 McKay 顺利启动了护盾。
Everett 上校在战斗中被幽灵吸食了生命，深切理解到 Sumner 当时生不如死的心情，他郑重地向 Sheppard 道歉。Daedalus 号把 Ford 从海里传送到医务室时，幽灵的手还紧贴着他的胸口。幽灵在吸食生命时，会先向人体内注入一种增强体力的酶，免得猎物提前死掉，看来这个幽灵只注入了酶却还没开始吸食，所以 Ford 才能在海底坚持了这么久。
与此同时，远程探测仪显示另外12艘母舰正在赶来，Daedalus 号决定在他们跳出超空间时伏击（又要用传送了，Hermiod 气鼓鼓地），然而只摧毁了2艘母舰，其他幽灵就找到了阻止传输的方法，Daedalus 号招架不住，逃回了 Atlantis。护盾在幽灵猛烈的攻击下，ZPM 最多只能维持几天时间。McKay 建议 Daedalus 号在护盾上空引爆一颗核弹，然后用 Jumper 的隐形技术把城市隐藏起来，让幽灵以为他们已经毁掉了 Atlantis，也就会慢慢离开。这个计划的危险性在于隐形和护盾系统不能同时启动，若幽灵不上当，那就彻底完了。为保证计划顺利实施，Teyla 决定再次使用幽灵感应能力，让他们相信 Atlantis 即将启动自毁程序。
Ford 体内的酶开始增强他的能力，变得强壮且好斗，他迫使 Carson 交出其他的酶（Carson 从幽灵尸体上提取的，计划用来逐步使 Ford 摆脱对酶的依赖），逃离医务室并抢了一艘 Jumper 通过星门离开了 Atlantis。
2.02 The Intruder
Sheppard 被破格提升为中校 （Lieutenant Colonel） [上校（Colonel）：修正一下应为中校，不过比闻香识女人里面好多了，毕竟升级是好事]，他和 Weir、McKay 此时正在 Daedalus 号返回地球的路上，然而两个先后离奇死去的科学家打乱了行程。McKay 协助 Hermiod（Sheppard 居然说 Hermiod 赤身露体不雅 ^_^）全面检测计算机系统后，发现了一个幽灵设计的智能型计算机病毒，此时病毒正在向幽灵发送求救信号。由于无法取得系统控制，Sheppard 驾驶一架 F-302 到外面摧毁通讯设备。任务完成后，Sheppard 却无法返回，因为 F-302 的控制系统也已被病毒感染，McKay 利用无线电定位的方法将 Sheppard 传了回来。
系统重启后病毒又回来了，现在航向被定在飞向一颗恒星的日冕，那里的辐射会杀死所有的船员。McKay 意识到病毒在重启系统前把自己下载到了 F-302 的存储器（类似 SGC 的一次遭遇，那次外星体是把自己下载到了 MALP 上），现在需要拆掉所有 F-302 的存储器再执行一次重启。这次病毒是藏在外面的 F-302 上（Sheppard 开出去炸通讯设备的那架），Sheppard 必须击毁它，彻底消灭病毒的藏身之所。
2.03 Runner
科研小组在 P3M-736 上发现了一具幽灵的尸体，他右臂上的酶袋被割走，Sheppard 立刻想到 Ford，Caldwell 上校提醒他 Ford 现在是危险人物，必要时必须果断地解决他（Sumner 上校遇险时你似乎并没有手软）。
在分头搜索中，Sheppard 和 Teyla 被一个叫做 Ronon Dex 的大个子抓住，Ronon 说幽灵在他背上装了一个跟踪器，他每到一处，总会有幽灵接踵而来（幽灵把追捕他当成了一种游戏），Sheppard 返回 Atlantis，带着 Carson 医生帮他取出了跟踪器。
与此同时，McKay 遇到了 Ford，Ford 在无意中看到并杀了追猎 Ronon 的幽灵（割了他的酶袋），现在他准备带 McKay 去营救 Sheppard。Sheppard 制止了他和 Ronon 的打斗，Ford 发誓要让所有人看到他现在很好（计划做一轰轰烈烈的大事），然后钻进了幽灵战机的光柱（被传送到了战机里）。
MALP 显示 Ronon 的家园 Sateda 已经成了一片废墟，他现在无家可归了。
2.04 Duet
在幽灵的一次袭击中，McKay 和年轻的女中尉 Laura Cadman 被抓进了战机，战机在穿过星门前被 Sheppard 击落（Carson 医生真是好人，看到幽灵还说我是医生，我可以帮助你，却不知道那家伙正在启动自毁装置）。由于无法识别生命信号是谁的，且战机仅存的能量只够放出其中一个，Sheppard 便给 Dr. Zelenka 随便指了一个（幽灵的传送装置是先把人转为非物质信号储存起来，然后再根据指令物化还原）。出来的正是 McKay，不过没想到的是 Laura 的意识也跟着下载到了他的大脑。（约会的一幕比较有意思：McKay 要跟 Katie 医生约会，Laura 却喜欢 Carson，她趁着 McKay 睡着的时候同时约了 Carson……Zelenka 的实验更搞笑，他用两只小白鼠做实验，结果全被烧焦了，“我认为它们开始的颜色不是这样”，Sheppard 在旁边说。当然还有 Carson 的招牌表情：一脸的无辜）。
Sheppard 试图说服 Ronon 加入他的队伍，Ronon 表示愿意考虑。
2.05 Condemned
Jumper-1 在一个荒凉的小岛着陆，却遭到手持弓箭的一群人围攻。混乱时刻，一艘飞船赶来，用制动火箭驱散了地面的人群，然后护送 Jumper 前往大陆。在那里遇到女外交官 Marin，她欢迎他们来到 Allessia。执政官告诉他们，Sheppard 等人刚才降落的那个岛是他们的监狱，犯人都被送往那里，幽灵来时就从他们中间猎食，因此他们才有机会发展出较为先进的文明（Sheppard 认为这种刑罚很不人道，McKay 则说这跟地球上的电刑、绞刑是半斤八两）。
Sheppard 等人返回时，Jumper 竟然意外地被岛上囚犯自制的土炮击落。原来那里不仅仅是穷凶极恶的死刑犯，后来由于犯罪率下降（这么可怕的刑罚能不下降吗），没有足够的犯人满足幽灵的需求，现在是犯了任何罪的犯人都被送往那里（这么一来就不地道了）。威力强大的“土炮”就出自一个科学家 Eldon 之手（Sheppard 等人也学会了一种绑人的新方法 ^_^），领头的家伙要求 McKay 和 Eldon 修好 Jumper 以便逃离此地（岛上没有 DHD，犯人没法用星门）。McKay 检查后发现 Jumper 的主控电路被毁，DHD 遥控拨号也随之失效，他无能为力（当然是谎话，McKay 最擅于此道）。Eldon 偷偷放了 Sheppard 等人，条件是要他们带他逃离此地。此时一艘幽灵战机穿过了星门。
得知队员失踪后，Weir 请求 Allessia 派出飞船搜索全岛。Marin 私下里告诉 Weir，把犯人关到岛上实际上是他们的祖先和幽灵之间的协议，现在幽灵正慢慢醒来，岛上的人数满足不了需求，正在要求执政官送更多的人过去，并且他不会派出救援队伍。随后她以秘密叛国罪被捕（当然也会被送往小岛）。
Sheppard 用一发章鱼蛋击毁了一艘巡洋舰，Weir 正好赶到，拨通了 Alpha 基地的星门，囚犯们一哄而散。随后 Weir 又拨通 Atlantis，Sheppard 等人顶着炮火冲过了去（看来又丢了一艘 Jumper）。而此时的执政官看着窗外慢慢逼近的巡洋舰，一脸的惊恐。
2.06 Trinity
数据库显示 Doranda 曾经是古人的盟友，然而在一万年前就成了一片废墟，只留下了一个仅存的建筑。McKay 在神秘的建筑中找到一个大型武器，并发现给武器供能的发电机其实是“宇宙的终极能源”（和它相比 ZPM 不过是5号电池），不过显然它还没有完善，McKay 认为他可以完成后续的工作。然而第一次试验中，一个队员就被一道强光给杀死；第二次试验更糟，武器严重超载，疯狂地四处开火。McKay 无法关掉它，他们现在才明白，是 Dorandans 自己的实验毁灭了自己（并非幽灵干的），大半个太阳系在爆炸中被毁，McKay 为他的自负付出了惨重的代价。
Teyla 和 Ronon 去和 Belkan 人做生意，希望换到他们的庄稼抗病药物。Ronon 遇到了其他幸存的 Sateda 人，同时有机会杀死了他从前的指挥官 Kell，Kell 是个叛徒，为了救自己白白牺牲了上千人的性命。
2.07 Instinct
Sheppard 等人发现一个村庄里的人都在心情沉重地谈论一个叫做 Diamos 的怪物，根据村民的描述，他实际上是一个幽灵。十年前一艘飞船坠毁在这里，村民杀死了船上的幽灵。现在看来肯定是漏掉了一个，他每过两三个月就会出来捕食村民。Sheppard 等人在搜索中找到一个女幽灵，然而一个叫 Zaddik 的老人声称是她的父亲，并保护着她。
Zaddik 说这个叫做 Ellia 的女幽灵是当年他从飞船的残骸中找到的，那时她还是一个小孩子，他和她一直生活在山洞里。随着 Ellia 逐渐长大，有了吸食人类生命的欲望，不过 Zaddik 配置的一种草药，可以抑制她的这种本能。Weir 很高兴地派出 Carson 医生来研究这种神奇的药草。
此时又一个村民遇害，而 Zaddik 说当时 Ellia 正和她在一起，看来这里还有另外的幽灵。Teyla 说服 Ellia 利用幽灵网络找出他的位置。Zaddik 担心他死后无人可以照顾 Ellia，Carson 说他正在研究一种逆转录病毒，可能会除掉 Ellia 基因中的幽灵 DNA，回复人类（他确信幽灵是上次抓在 Sheppard 脖子上的 iratus 虫子，现在不叫 space bug 了，和人类基因的混合体）。Ellia 偷偷给自己注射了逆转录病毒，并藏了起来。
Carson 等人走后，她告诉 Zaddik，他配置的草药根本就没用。当另外一个幽灵捕食村民时，她也会赶过去，虽然没有直接抓人，却是帮凶。此时病毒开始发作，作用却恰恰相反，抑制了她的人类成分，Ellia 尖叫着跑了出去，杀死了另个一幽灵，并打伤了 Zaddik。众人发现 Zaddik 后，认出他就是当年失踪的村民，他应该才34岁。Zaddik 说出为了满足 Ellia 的本能，他曾经让她吸食自己，Zaddik 希望村民不要怪 Ellia。Ronon 和 Sheppard 制服并带走了 Ellia。
2.08 Conversion
Sheppard 的胳膊被 Ellia 咬伤，被注入了逆转录病毒，他的能力开始提升：伤口自动愈合；跑步时远远甩下 Ronon；轻易打败 Teyla——还亲了人家姑娘一口。随后 Sheppard 开始变异，这有点出乎 Carson 的意料，因为这种病毒是设计为只对幽灵有效的。为此 Carson 等人得去弄几个 iratus 虫卵（干细胞）回来研究，Sheppard 被关进医务室。
然而虫子不是那么容易对付的，两名队员阵亡，任务失败。不得已 Carson 给 Sheppard 注射了抑制剂，靠他偷出了虫卵（因为他现在可以制造虫子的信息素，虫子不会攻击他），最后成功救回了他（Ellia 也被恢复了？,NO,很不幸，由于逆转基因还不是很成功，ellia的状况恶化，变得更加可怕，在上一集最后，被迫杀死了，悲剧。否则也用不着用所谓的麦克重现测试，不稳定的医疗后果也没那么危险，当然后来有一条结论，该基因疗法对女性幽灵无效）。
2.09 Aurora
深太空探测仪在星系边缘探测了古人的战舰“Aurora”，Sheppard 等人乘坐 Daedalus 号前往侦查。飞船刚跳出超空间，就遇到一架幽灵侦察机，Daedalus 轻易地摧毁了它。McKay 启动了 Aurora 的生命支持系统后，发现船员们都躺在冷冻舱内，（船员的身体过于衰老，已经无法安全解冻）不过他们的意识仍然存在，而且靠一种装置连接在一个虚拟世界中，McKay 将 Sheppard 接入系统，尝试与他们接触。
Sheppard 进入之后，看到了 Aurora 的船员，他们并不知道自己正睡在维生装置中，Sheppard 试图向船长解释一切，船长并不相信他，并声称他们已找到了击败幽灵的关键所在，现在首要任务是尽快返回 Atlantis。此时 Daedalus 探测到两艘幽灵巡洋舰正在赶来，为了不暴露 Atlantis 并未毁灭的事实，他们必须在半小时内返回，同时 Ronon 和 Teyla 发现竟然有一个幽灵也连接在系统中。
Sheppard 试图通过 Trebal 副官说服船长（他可能觉得自己比较能说服美女，“老天，她真的很漂亮！”，McKay 语 @_@），不幸的是 Trebal 正是那个幽灵假扮的。她已经删除了关于幽灵的情报，现在正试图学习超空间引擎技术（当然是为了尽快到达地球，幽灵的超空间技术远落后于古人）。
McKay 切断了幽灵的连接并杀了他（现在他不那么漂亮了），但是船长已经不能提供更多的情报（忘掉了……），不过他告诉了 Sheppard 飞船的自毁程序密码，幽灵巡洋舰到达之后他们同归于尽。虽然此行收获甚微，但是 Sheppard 坚信他们一定能再次找到幽灵的弱点所在。
2.10 The Lost Boys
Ford 这个大好青年看来是被幽灵的酶给毁掉了（上次被吸入战机后伺机干掉了里面的幽灵，还弄到了足够的酶），组织了一帮靠酶维持的“特别行动队”，他们活捉了不少幽灵，用于提供稳定的酶源。一个叫 Jace 的家伙还对酶进行了改良，甚至添加到了食物里（Ronon 和 McKay 狂吐）。Ford 要证明给他们看：靠酶的支持可以轻易地打败幽灵。
队员 Kanayo 原来是 Genii 的间谍，Ford 派他从 Genii 那里偷了一整箱的 C4，并计划用之炸毁一艘幽灵母舰。为此他需要 McKay 帮他们修好一艘幽灵战机，把他们送上母舰。Sheppard 要求带上他的队员以应对可能的突发状况（实际上是想找机会溜走，Ronon 和 Teyla 的酶中毒已经很深了），不过 Ford 还是扣下了 McKay（虽疯却还不傻）。
计划总是跟不上变化，战机接近母舰时先是被自动控制（R2，我要你关掉自动驾驶 @_@）；还原 Ford 的队员时，他们又摔下了悬崖（母舰怎么会设计有这种深坑），Ford 认为是 Sheppard 故意所为；剩下的人则全被抓住，一个幽灵女王准备审问 Sheppard。
2.11 The Hive
McKay 试图说服留守的队员，Ford 他们一定出了什么差错，要求他们交出 DHD 的控制水晶，两人对他的话置之不理。无奈之下，McKay 冲进实验室喝下整整一瓶的酶，打倒了守卫（这就是你们冷落聪明绝顶的科学家的下场，得意啊），找出水晶，糊里糊涂地（神智开始不清）逃回了 Atlantis。由于基地的酶上次已被 Ford 全部拿走，McKay 现在必须强制戒断（对酶的依赖）。
幽灵女王突然取消了对 Sheppard 的审讯（因为此时又来了一艘母舰）。Sheppard 想起上次营救 Sumner 上校时，McKay 简单地用刀子鼓捣了几下就打开了门，便让 Ford 和 Ronon 用飞刀射印象中的位置（Ronon 身上藏的刀还真不少，看来不常坐飞机）。Sheppard 中途为了救缚在茧中的几个人（其中有一个年轻女人 Neera）耽搁了一下，结果大家又被逮住了。因为无法及时补充酶，Ford、Teyla、Ronon 等人很快就要倒下，Ford 被封入了茧中。
然而 Neera 是女王的奸细，他们的种族向来崇拜幽灵，因此幽灵留下了他们。Neera 急切地向 Sheppard 探听地球的消息时，被 Sheppard 给识破了。幽灵之间彼此极不信任，女王怀疑是其他幽灵给 Sheppard 等人提供了战机（来她这里搞破坏），Sheppard 顺势挑拨他们。此时 Ford 神兵天降（看来幽灵是拿他没办法了），打晕了女王，救出了 Sheppard 等人。
Daedalus 赶到 Edwin 星球时，与两艘母舰遭遇，打不过又不能逃（一跑 Atlantis 就暴露了）。正为难之时，Sheppard 抢了一架战机，故意向母舰开火，使双方打了起来，最后同归于尽。Sheppard 等人通过 Edwin 地面的星门返回 Atlantis，他相信 Ford 一定也在爆炸前逃离了母舰。
2.12 Epiphany
Sheppard 等人发现了一个古人制作的临界门，门边的古人文字写着“欢迎”、“升天”等字样。McKay 伸摄像机进去拍摄后，发现那边是一个山洞（McKay 要树枝绑摄像机，Ronon 递给他一根树干 @_@）。Sheppard 想过去看看，结果门进了一半后退不回来，反倒被吸了进去。
门的那边原来是一个时间膨胀空间，里面的时间是门外的 250 倍。这么一会儿功夫，Sheppard 没了吃的（胡子都长出来了），只好走出山洞，发现洞外是一个翠绿的山谷。一个惊恐的男人正向他跑来——有个透明的怪兽在追他，Sheppard 英勇地与之搏斗，醒来后已经是躺在了床上，一个小女孩 Hedda 用治愈能力医好了他的伤。
带他回来的男人 Avrid 和他的妹妹 Teer 告诉 Sheppard，这个山谷是古人为准备升天的人准备的，在这里他们要在修道院内不断冥想，以摆脱肉体，达到升天的境界——这里唯一的出路就是升天。Teer 等人无法最终摆脱恐惧（怪兽实际上是他们的恐惧创造出来），她告诉 Sheppard，她很小的时候就知道那天他会进来，撞见 Avrid 则是她预先安排好的，因为 Sheppard 将是引导他们升天的那个人。
McKay、Weir 和 Carson 等人也穿过了临界门，计划进去关掉时间膨胀机器的 ZPM。此时 Teer 感应到了他们的到来，同时感应到怪兽正在接近他们，Sheppard 立刻冲了出去。Sheppard 的行为使大家鼓起勇气面对自己的恐惧，驱散了怪兽，然后所有的人开始升天。Teer 邀请 Sheppard 一同升天，但他说他还没准备好。Teer 希望 McKay 不要取走这里的 ZPM，为想升天的后人留下这个庇护所，然后她为他们打开了返回的通道。（那个升天的女人跟你什么关系？McKay 气鼓鼓地质问 Sheppard）。
2.13 Critical Mass
SGC 的 Landry 将军得知，NID 的分支组织 The Trust 已经被 Goa'uld 控制，他们在 Atlantis 放了颗炸弹，一旦 Atlantis 的星门向地球拨号，就会引爆炸弹（Goa'uld 怕多一个幽灵这样的对手，其实 Ori 已经够他们受了），SGC 通过 Daedalus 向 Atlantis 转发了这条信息——此时 McKay 正准备向地球传送数据（常规报告）。
Weir 指派 McKay 和爆破专家 Laura 上尉（意识曾被下载到 McKay 身体的那个军官）一起搜寻炸弹，此时 DHD 竟然自动向地球拨号，幸好 McKay 已经取出了 ZPM，连接失败。然而拨号只是个假象，暗地里还发出了一个噪声信号被两只正在互相交火的幽灵巡洋舰发现，现在他们一起冲 Atlantis 飞来了（可能 Trust 想把幽灵引过来，跟城市一起消灭）。
Weir 开始调查 Daedalus 上的船员，看起来 Dr. Kavanagh 嫌疑最大，这家伙天天抱怨 Weir 的管理能力（录视频信息发回地球时，他净忙着打小报告了），而且急着返回地球。McKay 发现并没有真正的炸弹，Trust 只是关闭了 ZPM 的过载保护系统，当 ZPM 提供巨大能量时很容易就会超载，然后引发爆炸（这才是它发出噪声信号的目的，引幽灵过来，Atlantis 就必须要使用 ZPM 使城市隐形），程序同时设置了一个复杂的密码阻止它被修正。
幽灵的巡洋舰很快就到了，McKay 只得装回 ZPM 启动了隐形护罩。开始 ZPM 工作良好，突然城市的星际推进器启动了——不仅会影响隐形，还会使 ZPM 超载。Laura 查看日志后发现是船长 Caldwell 上校做的手脚，小灰人 Hermiod 把 Caldwell 传送了下来，他开始眼睛放光——Goa'uld 控制了他。Sheppard 使用电脉冲使他暂时清醒，说出了通行密码，McKay 修复了过载保护程序。最后幽灵什么也没发现；Hermiod 用 Daedalus 的传输系统移除了 Caldwell 体内的 Goa'uld（雷神之锤的作用）。
（抚养 Teyla 的 Charin 去世，Athos 人为她举办了葬礼，有一首很动听的挽歌；Zelenka 去 M7G-677 修理那帮孩子的电磁装置，回来时已不成人形；无辜的 Kavanagh 被 Ronon 吓得够呛）。
2.14 Grace Under Pressure
McKay 在试飞一架修理过的 Jumper 时坠入了大海，在等待救援的同时他也在想自救的办法，潜意识中的 Carter 上校出现在 Jumper 里，与他一起共度难关。（这一集非常乏味，McKay 太能唠叨了，整个就是他的独角戏。类似 SG-1 7.13 Carter 被困在星云的那一集“Grace”）。
2.15 The Tower
Sheppard 等人在一个贫困的农业星球看到了一个尖塔——和 Atlantis 的主城区一样。塔里住着一帮贵族，靠欺压和剥削农夫们过着奢靡的生活。因为他们拥有强大的武器，可以对抗幽灵，也可以毁灭任何东西。McKay 认为农夫描述的亮光就是古人的“章鱼弹（drones）”，有章鱼弹就意味着有 ZPM。
皇室管家 Otho 扫描了他们之后（扫描仪哔了一下），决定带他们进入尖塔。McKay 发现这个尖塔实际上是一个埋着的 Atlantean 城市，城市的构造和 Atlantis 几乎没什么区别，虽然 ZPM 即将耗尽，却惊喜地看到了一大堆章鱼弹和 Jumper。老弱多病的国王有古人基因可以使用控制椅，但遗传给子女中的却微乎其微。Otho 唆使国王的女儿去引诱 Sheppard，说一旦他们结婚，她将可以继承王位（当然是看上了 Sheppard 的基因了）。Otho 称此举的目的是为了解放被欺压的奴隶，Sheppard 告诉了他基因治疗的方法，Otho 接受了治疗（Sheppard 的意思是如果人人都可以使用控制椅，那么贵族就没有什么特权了）。
Carson 医生发现老国王早就中了一种慢性毒药，已经无法挽回。国王的死引发了王位之争，Otho 露出了真面目，他拘捕了国王的儿子和 Sheppard、Carson，下毒的原来是他。Otho 启动了控制椅，准备摧毁附近的村庄（Ronon 和 Teyla 在那里干掉了一个治安官）。McKay 启动了星际推进器，耗光了 ZPM 最后的能源，章鱼蛋掉回到地上。Otho 在与 Sheppard 的搏斗中被自己刀子上的毒药杀死。
Atlantis 得到了足够的补给品，他们承诺为村民提供药品并帮他们建立一个自由的社会（听说你交了个女友？Weir 问。本来有机会，不过我谢绝了她的好意。他们没让你当国王吗？我也谢绝了，Sheppard 挺拽）。
2.16 The Long Goodbye
Sheppard 等人在太空中发现了两个逃生舱，打开其中一个后，里面是个奄奄一息的老女人，Weir 刚想凑近去看，结果一道亮光射出来，老女人的意识钻进了 Weir 的身体（哦，又这样了，McKay 语），她说她的名字是 Phebus，在回家的途中遭到了幽灵的袭击。她希望恢复另一个舱内她丈夫的意识，她想和他做最后的告别。热心的 Sheppard 同意了。
McKay 认为这是一种类似“黑匣子”的技术，用来保留信息，意识在 Weri 等人体内大约只能保留几个小时。Thalen 进入了 Sheppard 的身体，两人热吻了一通，然后突然各抢了一把武器互相射击。Phebus 说 Thalen 不是她的丈夫，而是她的敌人，然后冒充 Weir 发出拘捕 Sheppard 的命令。Caldwell 上校中止了命令，接管了指挥权。
然后两个人就开始了“史密斯夫妇”的追杀游戏，好不容易才被 Ronon 和 Teyla 制服。两个人恢复之后，Cadwell 上校取笑 Weir，他不知道该怎么写任务简报，尤其是那一个热吻。“哦，这真是残酷的离婚”，McKay 感叹。
2.17 Coup D'etat
Lorne 少校的小队遇到袭击，Sheppard 等人增援时，只看到了被烧焦的尸体。随后一个叫做 Ladon Radim 的 Genii 的士兵向 Atlantis 传输了一段视频，声称 Genii 发现了执行任务的小队，知道 Atlantis 并没有被毁。如果 Weir 能帮助他推翻 Genii 政权（他需要机枪、手榴弹和 C4 阻止 Genii 现在的领袖 Cowen 发展核武器危害其他世界，他认为是 Cowen 暗杀了 Kolya 指挥官），他愿意用从“15兄弟会”那里得到的 ZPM 作为交换条件。
Sheppard 等人找 Cowen 了解情况，Cowen 说他们被幽灵洗劫的很严重，现在正为重建焦头烂额，他也知道 Ladon 的事，却并不放在心上。同时他保证不会向幽灵泄漏 Atlantis 的信息（真不可思议，他头一次没有想干掉我们，McKay 说）。Weir 决定假装和 Ladon 协商，暗地派 Sheppard 跟踪过去伺机夺取 ZPM。
Carson 医生此时发现那些尸体并不是 Lorne 等人，而是死于辐射的 Genii 人。Weir 扣留了 Ladon 的代表团（一群被辐射的病人，包括 Ladon 的妹妹 Dahlia），这些人却并不在意，Weir 马上意识到 Sheppard 等人落入了圈套。原来 Ladon 手里的 ZPM 只是个废掉的，他抓住了 Sheppard 等人。然后 Cowen 要求 Weir 在一小时内拿 10 艘 Jumper 交换队员的性命（包括 Lorne 的小队，抓他们是为了研究古人基因。为此 Genii 还印发了所有带古人基因的队员的通缉令，Ronon 和 Teyla 曾为名单上没自己而不爽。Cowen 这家伙挺能整的，会算计）。
Weir 告诉 Cowen 说他们可以帮助治疗 Genii 的辐射病，Cowen 却说他才不管这些。Ladon 却另有打算，他听说妹妹和其他病人有可能得救，便偷偷放了 Sheppard 等人，并引爆了事先藏在地下的核弹（Ladon 原来是首席科学家），炸死了 Cowen 和他的护卫队——发起了一场真正的政变。
2.18 Michael
Dr. Carson 用逆转录酶把一个幽灵变回了人类，Michael。恢复意识后 Michael 开始觉得怪怪的：每个人都对他过分地客气；而 Ronon 看见他却恨不得杀了他；总是梦见自己是一个幽灵，他偷出 Carson 的医疗记录得知了真相。由于逆转录酶不能永久起作用，他杀了名队员，然后又悔恨不已，Weir 只得把他送往 Alpha 基地继续治疗。在那里他利用幽灵的连接能力骗 Teyla 放了他，然后押着 Teyla 逃往幽灵母舰，仅存的人性使他没有吸食 Teyla 的生命。
Sheppard 根据 Teyla 留下的线索赶到救回了她，但是 Michael 被幽灵救走——现在，Atlantis 没有被毁的秘密守不住了。
2.19 Inferno
Taranis 星球的 Dr. Norina 和首相 Lycus 希望 McKay 能帮他们修复一个古人的护盾装置，同时还带他们去看了一艘停在地下基地中的古人战船（坏掉的，类似 Aurora 号）。然而 McKay 发现古人的护盾是靠地下的岩浆提供能源的，由于过度使用护盾，岩浆运动开始活跃并即将导致大规模火山爆发：半个星球被毁，整个天空布满火山灰。所有居民必须立刻撤离（说服 Lycus 不容易，他认为 McKay 想侵吞他们的装置）。
第一批居民刚刚撤离，星门就被岩浆吞没。Weir 立刻派 Daedalus 前往接应，但是人数太多，Daedaulus 要跑很多趟才行。Carson 和 Ronon、Teyla 在地面组织撤离，Sheppard（这家伙除了和 Norina 眉来眼去并讽刺打击 McKay 外也做不了什么） 和 McKay、Norina 则试图去修复古人战船。
火山灰开始弥漫，空气变得有毒。Carson 带着部分居民撤入战船，Ronon 和 Teyla 被困在了外面，幸好及时被 Daedalus 传走。同时 McKay 发现战船的上方正好是大团的岩浆，这意味着即使修好了飞船，他们也无法起飞。McKay 决定等火山爆发炸开顶上的岩石，飞船护盾可以维持 4.1 秒，在这段时间内开启一个超空间窗口逃走（哎哟！怎么啦？我的指甲断了。哎哟！又怎么？站起来太猛脑缺血——McKay 实在是够贫）。Atlantis 现在有了一艘战船——Orion 号（又是 Sheppard 命的名）。
2.20 Allies
Michael 带着一个幽灵女王前来 Atlantis 要求结盟，他们希望得到 Carson 制造的逆转录酶，并把它做成生化武器攻击其他幽灵，这样既消灭敌人又获得了食物。为了表示诚意，他们提供了母舰的技术信息，包括阻止光传送的技术。大部分人同意合作，包括 Ronon，但是 Teyla 表示了忧虑。
Michael 和 Teyla、Ronon 在讨论生存和本能时，Carson 研究出了逆转录酶气体，只要设法把它混入母舰的生命支持系统就可大面积攻击所有的幽灵（女王当即测试了毒气，把一个幽灵转成了帅哥，然后吸食掉，Carson 开始怀疑他所作的是否正确）。然后她提出找一艘母舰实战测试，她会派出代表团假装投降，混入母舰以便找到机会施放毒气。然而计划没有奏效，双方打了起来。受到重创后，女王要求 Weir 派人完成下毒任务。
真相逐步被揭开，幽灵传输的数据中隐藏了一个病毒，窃取了 Aurora 的任务报告和所有星球的地址后清除了所有传输过来的数据（幽灵真正想要的是超空间技术和地球的位置）。Daedalus 刚赶到指定的地点就被攻击，McKay、Ronon 被母舰扣押，驾机前往营救的 Sheppard 生死未卜。两艘串通起来骗他们的母舰现在正在飞往地球的路上。
剧照和部分情节介绍来自 http://gateworld.net/ 和 http://www.scifi.com/atlantis
